Tomadas de contas especiais realizadas em convênios da Fundação Nacional de Saúde (Funasa) desde 2005 – ano em que o PMDB assumiu o controle político do órgão – revelam um rombo nos cofres públicos de pelo menos R$ 75,7 milhões referentes a 176 convênios com prefeituras e organizações não-governamentais (ONGs) para obras de saneamento básico e serviços de atenção à saúde indígena. São casos de obras não executadas, desvios de recursos, prestações de contas rejeitadas ou ausência de prestação de contas que foram levantados pela própria Funasa e que, após análise da Controladoria-Geral da União (CGU), foram encaminhados para o Tribunal de Contas da União (TCU) para julgamento.
Somente neste ano, até junho, a CGU concluiu que 47 convênios entre os analisados estão irregulares. O valor a ser restituído aos cofres da União nesses casos é de R$ 9,4 milhões (corrigidos).