Quem tem de decidir conflito de atribuições entre os Ministérios Públicos estadual e federal é o Supremo Tribunal Federal, e não a Procuradoria-Geral da República. O ministro do STF Marco Aurélio ressaltou que a PGR é responsável pelo Ministério Público da União, e não pode interferir na autonomia dos Ministérios Públicos estaduais.
Marco Aurélio considerou apenas como parecer a “decisão” do procurador-geral da República, Antônio Fernando de Souza, em conflito de atribuições entre o Ministério Público Estadual da Bahia e o Ministério Público Federal na Bahia. “A solução há de decorrer não de pronunciamento deste ou daquele Ministério Público, sob pena de se assentar hierarquização incompatível com a Lei Fundamental,” afirma o ministro em seu voto.
O conflito em questão foi levantado em inquérito que apura os crimes de roubo e contrabando. Após entender que cabe ao STF resolver o conflito, o ministro Marco Aurélio, relator da Petição, entendeu que a competência é do MP estadual, mesmo que a mercadoria roubada tenha vindo do exterior. Ele votou de acordo com o parecer da PGR.
O voto do relator foi acompanhado por unanimidade pelo Plenário do STF.